Kdy vlastně začíná daňová kontrola? NSS přiznává chaos ve vlastní judikatuře

Představte si, že vám finanční úřad doměří daň, vy se bráníte u soudu a zjistíte, že ani samotní soudci Nejvyššího správního soudu se neshodnou na tom, kdy vlastně daňová kontrola začala. Přesně to se stalo v případu podnikatele, kterému byla doměřena DPH za rok 2019. Osmý senát NSS dospěl k závěru, že rozporná judikatura jednotlivých senátů je natolik zásadní, že věc musel postoupit rozšířenému senátu. A výsledek tohoto rozhodnutí se dotkne každého, kdo podniká a platí daně.

Příběh jedné daňové kontroly, která možná začala dříve, než si kdokoliv myslel

Podnikatel provozující činnost v oblasti reklamy, tisku a roznosu letáků uplatnil odpočet DPH za zdaňovací období srpen a září 2019 od několika dodavatelských společností. Finanční úřad pro hlavní město Prahu však po provedení daňové kontroly dospěl k závěru, že podnikatel neprokázal faktické přijetí těchto plnění, a daň mu doměřil. Odvolací finanční ředitelství rozhodnutí sice částečně upravilo, ale v jádru potvrdilo.

Podnikatel se bránil u Městského soudu v Praze a poté kasační stížností u Nejvyššího správního soudu. Jeho klíčový argument? Lhůta pro stanovení daně uplynula dříve, než mu bylo doručeno pravomocné rozhodnutí. A celý spor se točil kolem jedné zdánlivě jednoduché otázky: kdy přesně byla daňová kontrola zahájena?

Podnikatel argumentoval, že správce daně fakticky – tedy materiálně – zahájil daňovou kontrolu už v lednu 2020, kdy zaslal výzvu Komerční bance k poskytnutí informací o jeho bankovním účtu. Správce daně navíc předtím prověřoval personálně a majetkově propojenou společnost TOWN, jejímž byl podnikatel jednatelem a která sídlila na stejné adrese. Z této činnosti mohl správce daně čerpat relevantní poznatky i o podnikateli samotném.

Pokud by se za okamžik zahájení daňové kontroly považoval právě leden 2020, tříletá lhůta pro stanovení daně (s prodloužením) by uplynula 21. ledna 2024. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 14. 6. 2024, doručené 19. 6. 2024, by tak přišlo pozdě – a celé doměření daně by bylo nezákonné.

Správce daně a žalovaný naopak tvrdili, že před formálním zahájením kontroly prováděli pouze běžnou vyhledávací činnost – ověřovali stav účtu, počet zaměstnanců, daňová přiznání. To vše v zákonných mezích. Výzvy třetím osobám údajně vydali až poté, co se rozhodli kontrolu zahájit, a informace od nich obdrželi až po formálním zahájení.

Proč NSS nedokáže rozhodnout sám: mapa judikaturního chaosu

Osmý senát NSS při analýze případu zjistil, že nemůže vydat rozhodnutí, aniž by se dostal do rozporu s některým z existujících rozsudků jiných senátů. A to není řečnická nadsázka – je to přímý důvod postoupení věci rozšířenému senátu podle § 17 odst. 1 soudního řádu správního.

Daňový řád ve znění účinném do konce roku 2020 stanovil tři kumulativní podmínky pro zahájení daňové kontroly: (1) úkon vůči daňovému subjektu, (2) vymezení předmětu a rozsahu kontroly a (3) faktické zjišťování daňové povinnosti. Jenže jednotlivé senáty NSS se rozcházejí v tom, zda musejí být splněny všechny tři podmínky, nebo zda stačí jen některé z nich.

Konkrétně:

• Pátý a desátý senát trvají na tom, že musejí být naplněny všechny tři podmínky současně. Pokud nejsou splněny v rámci jednoho úkonu, kontrola je zahájena splněním té poslední.
• Šestý senát naproti tomu opakovaně dovodil, že k materiálnímu zahájení kontroly může dojít i mezinárodním dožádáním – tedy úkonem, který vůbec nesměřuje vůči daňovému subjektu. Tím fakticky popřel nutnost splnění první podmínky.
• Devátý a desátý senát v jiných rozhodnutích konstatovaly, že pokud správce daně rovnou začne zjišťovat daňovou povinnost bez vymezení předmětu kontroly, materiálně provádí daňovou kontrolu – čímž relativizovaly druhou podmínku.
• Třetí senát v jednom rozsudku fakticky popřel samotnou existenci konceptu skryté daňové kontroly, když uvedl, že z úkonu správce daně musí být "bez jakýchkoliv rozumných pochybností zřejmé", že jeho účelem je zahájit kontrolu. V novějším rozhodnutí se však přiklonil k názoru, že zákonné podmínky se vztahují jen na řádné zahájení, nikoli na skrytou kontrolu.

Rozpory panují i v otázce, co konkrétně znamená "zjišťování daňové povinnosti". Sedmý senát za rozhodné považuje hodnocení shromážděných důkazů. Šestý senát jde ještě dál – stačí úkon učiněný za účelem hodnocení. Pátý senát naopak říká, že hodnocení důkazů je pro posouzení irelevantní, protože správce daně musí podklady vždy nějak vyhodnotit. A čtvrtý senát tvrdí, že nezáleží na rozsahu vyžádaných podkladů, ale na záměru správce daně prověřovat konkrétní pochybnosti.

Osmý senát trefně identifikoval jádro celého problému: existují dvě zcela odlišné koncepce "skrytosti" daňové kontroly. Podle první je kontrola skrytá tehdy, když správce daně provádí kontrolní činnost bez splnění zákonných podmínek. Podle druhé musejí být podmínky splněny vždy – a skrytost spočívá jen v tom, že správce daně formálně kontrolu nezahájí (typicky nesepíše protokol).

Předkládající senát navíc upozornil na další opomíjený problém. Daňový řád rozlišuje dva kontrolní postupy – daňovou kontrolu a postup k odstranění pochybností. Pouze daňová kontrola přerušuje běh lhůty pro stanovení daně. Dosavadní judikatura však nijak nevysvětluje, proč by překročení vyhledávací činnosti mělo automaticky vést k zahájení právě daňové kontroly, a nikoli postupu k odstranění pochybností.

Osmý senát rovněž varoval, že koncept skryté daňové kontroly nemusí vždy chránit daňové subjekty. Pokud by správce daně formálně zahájil kontrolu po uplynutí lhůty, mohl by se paradoxně dovolávat toho, že materiálně ji zahájil včas. Právní nejistota tak dopadá na obě strany.

Otázka předložená rozšířenému senátu zní jasně: Od kterého okamžiku lze pokládat daňovou kontrolu za zahájenou s důsledky přerušení běhu lhůty pro stanovení daně? Odpověď na ni bude mít zásadní dopad na tisíce probíhajících i budoucích daňových řízení. Pro podnikatele to znamená jediné – do rozhodnutí rozšířeného senátu je otázka běhu prekluzivní lhůty v souvislosti s materiálním zahájením daňové kontroly zatížena mimořádnou právní nejistotou.

Zdroj: Nejvyšší správní soud, 8 Afs 46/2025-67, usnesení ze dne 27. 3. 2026.