Finanční úřad nemůže ignorovat důkazy, které sám v řízení objeví

Nejvyšší správní soud se nedávno zabýval případem, který zásadně mění pohled na povinnosti správce daně při dokazování v daňovém řízení. Společnost MFC – MORFICO, výrobce betonových tvárnic, se dostala do sporu s finančním úřadem kvůli neuznaným výdajům za práce externích dodavatelů. Finanční úřad zpochybnil faktury za zednické a manipulační práce v hodnotě přesahující 1,5 milionu korun a doměřil společnosti daň včetně penále.

Jádrem sporu byla otázka, zda firma dostatečně prokázala, že deklarované práce skutečně provedli její dodavatelé v uvedeném rozsahu. Správce daně měl pochybnosti zejména o tom, že jeden z dodavatelů, pan K., mohl sám vykonat veškeré fakturované práce – některé dny by totiž musel pracovat více než 24 hodin. Při výslechu však tento dodavatel uvedl, že nepracoval sám, ale spolupracoval s dalšími osobami samostatně výdělečně činnými, které dokonce konkrétně pojmenoval.

Klíčový moment: Co vyšlo najevo, musí být prověřeno

A zde nastává rozhodující zvrat celého případu. Správce daně tyto spolupracovníky nikdy nevyslechl. Argumentoval tím, že je firma sama nenavrhla jako svědky, a proto je jeho věcí, zda takový důkaz provede. Krajský soud v Brně tomuto přístupu přisvědčil a žalobu společnosti zamítl. Nejvyšší správní soud však tento závěr razantně odmítl.

Soud připomněl zásadní pravidlo daňového řízení zakotvené v § 92 odst. 2 daňového řádu: správce daně musí dbát na co nejúplnější zjištění skutečností rozhodných pro stanovení daně a není přitom vázán pouze návrhy daňového subjektu. Pokud v průběhu řízení vyšly najevo informace o osobách, které mohly osvětlit sporné skutečnosti – a tyto informace byly součástí spisu – měl správce daně povinnost se jimi zabývat.

Jak soud výslovně uvedl, „vyjde-li v průběhu řízení najevo relevantní skutečnost, případně dostane-li se do dispoziční sféry správce daně, je jeho povinností se jí zabývat a zohlednit ji při zjišťování rozhodných skutečností." Finanční úřad tedy pochybil, když nevyslechl svědky, jejichž existence a identita byly známy z výpovědi dodavatele K. Tento postup představoval vadu řízení, která mohla ovlivnit zákonnost rozhodnutí.

Praktické dopady pro podnikatele

Rozsudek má zásadní význam pro všechny podnikatele, kteří se ocitnou v daňové kontrole. Za prvé, potvrzuje, že správce daně nemůže pasivně čekat na důkazní návrhy a poté konstatovat, že daňový subjekt neunesl důkazní břemeno. Pokud z prováděného dokazování vyplynou relevantní skutečnosti nebo osoby, které mohou věc objasnit, musí je správce daně z vlastní iniciativy prověřit.

Za druhé, soud se vyjádřil k otázce prokazování tzv. nepřímých nákladů. Správce daně požadoval, aby firma přiřadila zednické práce ke konkrétním výnosům. Nejvyšší správní soud však připomněl, že u nepřímých výdajů není třeba prokazovat přímou vazbu na konkrétní výnosy. Postačí prokázat faktické provedení prací, souvislost s majetkem využívaným pro zdanitelnou činnost a věcnou a časovou souvislost se zdaňovacím obdobím.

Na druhou stranu soud neakceptoval všechny námitky společnosti. Pokud jde o fakturované práce od dalších dodavatelů (společností BAUKRA, TROPEL a I.V.P.), soud potvrdil závěr o neunesení důkazního břemene. Firma nedokázala vysvětlit, proč v některých měsících výrazně rostly náklady na externí pracovníky, zatímco počet vyrobených tvárnic zůstával srovnatelný. Tento nesoulad správce daně řádně zdokumentoval a firma ho nevyvrátila.

Výsledkem je zrušení jak rozsudku krajského soudu, tak rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství. Věc se vrací k dalšímu řízení, v němž bude muset finanční úřad buď vyslechnout označené spolupracovníky pana K., nebo přezkoumatelně zdůvodnit, proč tento důkaz nelze provést. Pro firmu to znamená novou šanci prokázat oprávněnost svých výdajů, pro podnikatelskou veřejnost pak jasný signál, že správce daně nemůže ignorovat důkazy, které sám v řízení objeví.

Zdroj: Nejvyšší správní soud, 22 Afs 299/2025-58