Kdy začíná běžet lhůta pro stanovení daně a jak ji ovlivňuje rozhodčí nález

Kdy přesně vzniká daňová povinnost a kdy ji lze napravit? Tuto klíčovou otázku musel nedávno řešit Nejvyšší správní soud v případu společnosti RI OKNA a.s., která se dostala do dlouholetého sporu s finanční správou ohledně daně z příjmů za rok 2015. Případ odkrývá zásadní problematiku časové souvislosti nákladů a výnosů v situaci, kdy soudní či rozhodčí rozhodnutí zpětně mění pohled na uzavřené obchodní transakce.

Společnost RI OKNA v roce 2008 vystavila svému obchodnímu partnerovi Outulný, a.s. penalizační faktury související s výstavbou výrobní haly. Tyto sankce řádně zdanila. O sedm let později však rozhodčí soud konstatoval, že původní smlouvy o dílo byly absolutně neplatné. Firma následně snížila základ daně za rok 2015 o část vypořádání bezdůvodného obohacení ve výši přes 10 milionů korun. Finanční úřad i Odvolací finanční ředitelství tento postup odmítly s tím, že náklady se vztahují k roku 2008, nikoli k roku 2015.

Rozhodné datum podle metodických pokynů

Stěžejním argumentem společnosti byl odkaz na pokyn Generálního finančního ředitelství D-22, podle kterého se daňové důsledky soudních rozhodnutí uplatňují k datu nabytí jejich právní moci. Rozhodčí nález nabyl právní moci 15. dubna 2015 – tedy jednoznačně ve zdaňovacím období roku 2015. Společnost si dokonce nechala vypracovat odborné stanovisko renomované poradenské firmy PricewaterhouseCoopers, které její postup potvrzovalo.

Krajský soud v Brně žalobu zamítl. Argumentoval tím, že firma měla možnost podat dodatečné daňové přiznání za rok 2008 ještě po vydání rozhodčího nálezu, a tedy nepřišla o možnost chybně přiznanou daň získat zpět. Nejvyšší správní soud však tento přístup odmítl a krajský rozsudek zrušil.

Klíčovým argumentem Nejvyššího správního soudu bylo, že pokyn D-22 je souladný se zákonem a zakládá legitimní očekávání daňových subjektů. Soud připomněl svou dřívější judikaturu, podle které byly správní orgány povinny metodickým pokynem se řídit. Na rozdíl od staršího pokynu D-300, který vázal důsledky absolutní neplatnosti k datu původního právního úkonu, pokyn D-22 již takové speciální pravidlo neobsahoval. Rozhodným datem proto mělo být datum právní moci rozhodčího nálezu.

Praktické dopady pro podnikatele

Rozsudek má zásadní význam pro všechny firmy, které se ocitnou v situaci, kdy soudní či rozhodčí rozhodnutí zpětně mění jejich právní postavení. Pokud dojde k autoritativnímu určení neplatnosti smlouvy nebo k jinému rozhodnutí, které mění pohled na minulé transakce, daňové důsledky se uplatní zásadně k datu nabytí právní moci takového rozhodnutí, nikoli k datu původní transakce.

Soud zároveň potvrdil několik důležitých procesních zásad. Daňová kontrola zahájená před vyměřením daně přerušuje lhůtu pro její stanovení stejně jako kontrola v doměřovacím řízení. Správce daně není povinen vyhotovovat formální pověření úředních osob k jednotlivým úkonům a zakládat je do spisu. Pokud daňový subjekt takovou námitku neuplatní v průběhu daňové kontroly, bude později považována za účelovou.

V oblasti důkazního břemene soud potvrdil, že u nákladů na reklamu nestačí prokázat, že reklama proběhla – je nutné doložit, kdo ji skutečně poskytl. Vyčkávání s důkazními návrhy na závěr odvolacího řízení, kdy již není dostatek času k jejich provedení, jde k tíži daňového subjektu.

Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství bylo zrušeno a věc vrácena k dalšímu řízení. Společnosti RI OKNA byla přiznána náhrada nákladů řízení ve výši téměř 37 500 Kč. Případ ukazuje, že i když daňové orgány zastávají určitý výklad právních předpisů, soudy mohou tento výklad korigovat ve prospěch daňového subjektu, zejména pokud se opírá o metodické pokyny samotné finanční správy.

Zdroj: Nejvyšší správní soud, 5 Afs 5/2025-78